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BING-H5000

Introduction à la bioinformatique et à ses applications

année académique
2021-2022

Titulaire(s) du cours

Marianne ROOMAN (Coordonnateur) et Dimitri GILIS

Crédits ECTS

5

Langue(s) d'enseignement

français

Contenu du cours

Les chapitres suivants sont abordés dans le cours:

1. Bases de données biologiques

2. Séquences de biomolécules (alignements de séquences, phylogénie, analyse de données NGS, analyse de génomes, conception d’amorces pour la RT-PCR)

3. Analyse de réseaux et expression de gènes par la technologie de puces à ADN

4. Analyse de l’interactome

5. Comparaison de structures de protéines et classification de structures

6. Fonctions d’énergie en bioinformatique structurale

7. Méthodes de prédiction de structures secondaires et locales de protéines

8. Méthodes de prédiction de structures tertiaires de protéines (modélisation comparative, reconnaissance de repliement, prédiction ab initio)

9. Méthodes de prédiction de la stabilité thermodynamique / conception rationnelle de protéines modifiées

10. Thermodynamique et cinétique du repliement de protéines, stabilité thermodynamique et thermique de protéines

11. Prédiction de structures d’ARN

Objectifs (et/ou acquis d'apprentissages spécifiques)

Au terme de ce cours, l’étudiant sera capable de:

• Comprendre et d’expliquer les bases générales dans le domaine de la bioinformatique.

• Sélectionner rationnellement un outil bioinformatique en vue de répondre à une problématique biologique

• Démontrer son esprit critique dans l'analyse de résultats obtenus par des méthodes bioinformatiques.

Pré-Requis

Cours ayant celui-ci comme pré-requis

Méthodes d'enseignement et activités d'apprentissages

Cours ex-cathedra et séances de travaux pratiques.

Contribution au profil d'enseignement

  • Bioinformatique

  • Choisir des méthodes d’analyse statistique pertinentes, élaborer des modèles, interpréter les résultats et évaluer leur fiabilité́ de manière critique.

Support(s) de cours

  • Université virtuelle

Autres renseignements

Contacts

Marianne Rooman: mrooman@ulb.ac.be (coordinatrice) ; local UD3.204 ; Tel: 02 650 20 67

Dimitri Gilis (dgilis@ulb.ac.be) ; local UD3.203 ; Tel: 02 650 36 15

Campus

Solbosch

Evaluation

Méthode(s) d'évaluation

  • Examen oral
  • Rapport écrit

Pour la partie "travaux pratiques", la dernière séance correspond à une synthèse de ce qui a été réalisé durant l’année. Un rapport individuel est à remettre pour cette séance et sera utilisé pour l’évaluation de la partie « travaux pratiques ». Tout étudiant qui n'est pas en ordre dans la remise des rapports de travaux pratiques ne sera pas autorisé à présenter l'examen.

La partie "théorique" du cours est évaluée par un examen oral. Chaque étudiant tirera deux questions au sort, l’une portant sur les parties 1 à 4, l’autre sur les parties 5 à 11 (voir section « Contenu du cours »). Un temps de préparation, sans les notes de cours, est accordé à l’étudiant. Les deux questions seront ensuite discutées, en relation avec l’ensemble du cours.

Construction de la note (en ce compris, la pondération des notes partielles)

Soient nE la note obtenue à l'examen oral et nR la note obtenue pour le rapport de synthèse des travaux pratiques. La note finale, nF, est calculée par la moyenne géométrique pondérée de ces deux notes:

nF = (nR)^0,2 * (nE)^0,8

Si le cours n'a pas été crédité au terme de la 1ère session: si nR < 10/20, un nouveau rapport de travaux pratiques pourra être remis en seconde session. Par contre, si nR >= 10/20, la note est conservée pour la seconde session.

Si un étudiant ne présente pas les travaux pratiques ou l'examen, la note finale est une note d'absence.

Report de la note obtenue pour le rapport de synthèse des travaux pratiques d'une année académique à l'autre

Si un étudiant n'a pas été crédité pour l'unité d'enseignement BING-H5000 mais qu'il a obtenu une note supérieure ou égale à 10/20 pour la partie "travaux pratiques", celle-ci sera reportée et l'étudiant sera dispensé des travaux pratiques, sauf demande contraire de sa part.

Langue(s) d'évaluation

  • français

Programmes