GENO 3.3.2 - Analyse de données RNA-seq avec le logiciel R

Accroche introductive

Utiliser le logiciel R pour traiter et analyser des données génomiques...

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  • Intitulé du programme
    GENO 3.3.2 - Analyse de données RNA-seq avec le logiciel R
  • mnémonique du programme
    FC-682
  • Programme organisé par
    • Centre de Formation Continue en Santé et Sciences de la vie
    • Université libre de Bruxelles
  • Type de titre
    formation continue
  • Secteur et domaine d'études
    Santé/Sciences et techniques/Sciences et technologies/Médecine et Santé
  • Accessible en reprise d'études
    oui
  • Type d'horaire
    En journée
  • Langues d'enseignement
    français
  • Durée de la formation
    courte (2 à 5 jours)
  • Campus
    Autre campus, En ligne
  • Catégorie / Thématique
    Sciences et techniques - Sciences/Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques/Santé - Sciences médicales/Santé - Sciences de la santé publique
  • Complément
    Marie Lebacq
    Biostatisticienne
    Ingénieure de formation ULB HeLSci - BIOPS

Présentation

Détails

Informations générales

Type de titre

formation continue

Durée de la formation

courte (2 à 5 jours)

Langue(s) d'enseignement

français

Type d'horaire

En journée

Campus

Autre campus, En ligne

Catégorie(s) - Thématique(s)

Sciences et techniques - Sciences/Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques/Santé - Sciences médicales/Santé - Sciences de la santé publique

Faculté(s) et université(s) organisatrice(s) Accessible en reprise d'études

oui

Tarifs

  • Tarif réduit pour les doctorants & instit. hospitalières ULB : 190 €
  • Tarif réduit pour les institutions publiques, académiques et ASBL : 270 €
  • Tarif plein : 380 €

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Vous faites partie du personnel ULB ? La formation pourrait correspond à votre parcours de carrière ? Contact : formations.drh@ulb.be
 

Formation continue

Intervenant & coordination

Intervenant
Matthieu Defrance PhD
Computer Science (Université de Lille)
Professeur (ULB) Senior Researcher at IB2

Coordination
Marie Lebacq
Biostatisticienne
Ingénieure de formation ULB HeLSci - BIOPS
 

Contacts

02 555 85 19

helsci@ulb.be

https://biops.helsci.be/
Prochaine session : 
  • Le jeudi 20/02 (18h-21h)
  • Le vendredi 21/02 (13h-16h) en ligne
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Présentation

Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq et pouvoir les mettre en œuvre  avec le logiciel R.

En journée

  • 2 session de 3 heures
  • A distance
Prochaine session : 
  • Le jeudi 20/02 (18h-21h)
  • Le vendredi 21/02 (13h-16h) en ligne

Calendrier & inscriptions

Pré-requis

Public ciblé

  • Biologistes, responsables de projets, chercheurs du secteur biotechnologique qui sont amenés à réaliser des expériences de RNA-seq
  • 12 personnes maximum

Calendrier & inscriptions

Prochaine session : 
  • Le jeudi 20/02 (18h-21h)
  • Le vendredi 21/02 (13h-16h) en ligne

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Programme

PROGRAMME

1. Introduction générale

  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Présentation générale des outils d’analyse

2.  RNA-SEQ

  • Rappels sur l’ARN et l’expression
  • Design expérimental, questions biologiques et contraintes en terme d’analyse
  • Protocole expérimental RNA-seq
  • Notions de statistiques essentielles pour les analyses de données de séquences RNA-seq

3. Analyse de données RNA-SEQ

  • Alignement des lectures (reads) sur un génome de référence (algorithmes et outils)
  • Quantification de l’expression, visualisation et détection des anomalies
  • Expression différentielle et interprétation des résultats

A. En pratique - RNA-seq : des reads à la quantification de l’expression

B. En pratique - RNA-seq : expression différentielle

 

MÉTHODOLOGIE

  • 60% de théorie
  • 40% de pratique