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STAT 4.1 - Analyse de données RNA-seq avec le logiciel R
Accroche introductive
Utiliser le logiciel R pour traiter et analyser des données génomiques...
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Intitulé du programmeSTAT 4.1 - Analyse de données RNA-seq avec le logiciel R
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mnémonique du programmeFC-682
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Programme organisé par
- Centre de Formation Continue en Santé et Sciences de la vie
- Université libre de Bruxelles
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Type de titreformation continue
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Accessible en reprise d'étudesoui
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Type d'horaireEn journée
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Durée de la formationcourte (2 à 5 jours)
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Catégorie / ThématiqueSciences et techniques - Sciences/Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques/Santé - Sciences médicales/Santé - Sciences de la santé publique
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Complément
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E-mail de contact
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Téléphone de contact
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Renseignements supplémentaires
Présentation
Détails
Informations générales
Type de titreformation continue
Durée de la formationcourte (2 à 5 jours)
Type d'horaireEn journée
Catégorie(s) - Thématique(s)Sciences et techniques - Sciences/Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques/Santé - Sciences médicales/Santé - Sciences de la santé publique
Faculté(s) et université(s) organisatrice(s) Accessible en reprise d'étudesoui
Tarifs- Doctorant ULB : 150 €
- Secteur public / ASBL : 250 €
- Entreprise : 350 €
Inscription
Intervenant & coordination
Intervenant
Matthieu Defrance PhD
Computer Science (Université de Lille)
Professeur (ULB) Senior Researcher at IB2
Coordination
Marie Lebacq
Biostatisticienne
Ingénieure de formation ULB HeLSci - BIOPS
Matthieu Defrance PhD
Computer Science (Université de Lille)
Professeur (ULB) Senior Researcher at IB2
Coordination
Marie Lebacq
Biostatisticienne
Ingénieure de formation ULB HeLSci - BIOPS
Contacts
Besoin d'aide pour vous inscrire, contactez-nous par téléphone ou envoyez-nous un email.
En découvrir plus sur https://biops.helsci.be/
Toute l'équipe de ULB HeLSci est à votre disposition !
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Aides (bourses, chèques formations...)
Possibilité d’obtenir une bourse « Chercheur d’emploi » sur base d’une demande motivée, après avoir complété votre dossier d’admission. Une bourse maximum par personne.
Présentation
Objectifs de la formation
Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq et pouvoir les mettre en œuvre avec le logiciel R.
Horaire
En journée
- 2 demi-journées de formation (ou 3 sessions de 3 heures si donnée à distance)
- De 9h à 13h et/ou de 13h à 17h
- Il est également possible que la formation se donne à distance. Dans ce cas, elle est donnée en 3 sessions de 3 heures, sur 3 journées différentes. Les tarifs restent identiques.
Calendrier & inscriptions
Pré-requis
- Avoir suivi le module STAT 1.1 Part I - Statistiques de base appliquées aux sciences du vivant (statistique descriptive & comparaison moyenne) ou connaissances équivalentes
- Avoir suivi le module STAT 2.1 Initiation au logiciel R ou connaissances équivalentes
Public ciblé
- Biologistes, responsables de projets, chercheurs du secteur biotechnologique qui sont amenés à réaliser des expériences de RNA-seq
- 12 personnes maximum
Calendrier & inscriptions
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BESOIN D'AIDE POUR VOUS INSCRIRE ?
-
Contactez-nous par téléphone au 02/555 85 19 ou envoyez-nous un email à l'adresse suivante biops@ulb.ac.be.
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Programme
PROGRAMME
1. Introduction générale
- Introduction à l’analyse de données NGS
- Présentation générale des outils d’analyse
2. RNA-SEQ
- Rappels sur l’ARN et l’expression
- Design expérimental, questions biologiques et contraintes en terme d’analyse
- Protocole expérimental RNA-seq
- Notions de statistiques essentielles pour les analyses de données de séquences RNA-seq
3. Analyse de données RNA-SEQ
- Alignement des lectures (reads) sur un génome de référence (algorithmes et outils)
- Quantification de l’expression, visualisation et détection des anomalies
- Expression différentielle et interprétation des résultats
A. En pratique - RNA-seq : des reads à la quantification de l’expression
B. En pratique - RNA-seq : expression différentielle
MÉTHODOLOGIE
- 60% de théorie
- 40% de pratique