STAT 4.1 - Analyse de données RNA-seq avec le logiciel R

Accroche introductive

Utiliser le logiciel R pour traiter et analyser des données génomiques...

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  • Intitulé du programme
    STAT 4.1 - Analyse de données RNA-seq avec le logiciel R
  • mnémonique du programme
    FC-682
  • Programme organisé par
    • Centre de Formation Continue en Santé et Sciences de la vie
    • Université libre de Bruxelles
  • Type de titre
    formation continue
  • Accessible en reprise d'études
    oui
  • Durée de la formation
    courte (2 à 5 jours)
  • Campus
    Plaine
  • Catégorie / Thématique
    Sciences et techniques - Sciences/Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques/Santé - Sciences médicales/Santé - Sciences de la santé publique
  • Complément
    Marie Lebacq
    Biostatisticienne
    Ingénieure de formation ULB HeLSci - BIOPS

Détails

Informations générales

Type de titre

formation continue

Durée de la formation

courte (2 à 5 jours)

Campus

Plaine

Catégorie(s) - Thématique(s)

Sciences et techniques - Sciences/Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques/Santé - Sciences médicales/Santé - Sciences de la santé publique

Faculté(s) et université(s) organisatrice(s) Accessible en reprise d'études

oui

Tarifs

  • Doctorant ULB : 150 €
  • Secteur public / ASBL : 250 €
  • Entreprise : 350 €

FF

Intervenant & coordination

Intervenant
Matthieu Defrance PhD
Computer Science (Université de Lille)
Professeur (ULB) Senior Researcher at IB2

Coordination
Marie Lebacq
Biostatisticienne
Ingénieure de formation ULB HeLSci - BIOPS
 

Contacts

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Aides (bourses, chèques formations...)

Possibilité d’obtenir une bourse « Chercheur d’emploi » sur base d’une demande motivée, après avoir complété votre dossier d’admission. Une bourse maximum par personne.

Présentation

Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq et pouvoir les mettre en œuvre  avec le logiciel R.

En journée

  • 2 demi-journées de formation (ou 3 sessions de 3 heures si donnée à distance)
  • De  9h à 13h et/ou de 13h à 17h
  • Il est également possible que la formation se donne à distance. Dans ce cas, elle est donnée en 3 sessions de 3 heures, sur 3 journées différentes. Les tarifs restent identiques.

Calendrier & inscriptions

Pré-requis

Public ciblé

  • Biologistes, responsables de projets, chercheurs du secteur biotechnologique qui sont amenés à réaliser des expériences de RNA-seq
  • 12 personnes maximum

Calendrier & inscriptions

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Programme

PROGRAMME

1. Introduction générale

  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Présentation générale des outils d’analyse

2.  RNA-SEQ

  • Rappels sur l’ARN et l’expression
  • Design expérimental, questions biologiques et contraintes en terme d’analyse
  • Protocole expérimental RNA-seq
  • Notions de statistiques essentielles pour les analyses de données de séquences RNA-seq

3. Analyse de données RNA-SEQ

  • Alignement des lectures (reads) sur un génome de référence (algorithmes et outils)
  • Quantification de l’expression, visualisation et détection des anomalies
  • Expression différentielle et interprétation des résultats

A. En pratique - RNA-seq : des reads à la quantification de l’expression

B. En pratique - RNA-seq : expression différentielle

 

MÉTHODOLOGIE

  • 60% de théorie
  • 40% de pratique