STAT 4.1 - Analyse de données RNA-seq sous Galaxy

PROGRAMME

Introduction 

• Introduction au NGS et plateformes technologiques
• Introduction à l’analyse de données NGS
• Formats de fichiers (e.g FASTA, FASTQ, SAM, BAM)
• Les banque de données et l’archivage des données
• Présentation détaillée de Galaxy

En pratique

• Exploration de banques de données
• Chargement des données dans Galaxy
• Contrôle qualité des données

RNA-SEQ

• Rappel sur l’ARN et l’expression
• Questions biologiques
  • Quantification de l’expression
  • Expression différentielle
  • Splicing alternatif
  • Découverte de nouveau transcrits
  • mRNA, ncRNA
• Protocol expérimental RNA-seq
• Design expérimental
  • Échantillon control & réplicas
  • Stratégie de conception de la librairie (longueurs des séquences, profondeur de séquençage, déplétion des ARN ribosomiques, séquençage orienté…)

En pratique

• Importation d’une série de données dans Galaxy. Utilisation des collections.
• Contrôle qualité d’une collection de données et prétraitement.

Analyse de données RNA-SEQ

• Alignement des séquences sur un génome de référence
  • STAR, Tophat, HITSAT2
• Construction d’un assemblage de novo
  • Trinity
• Quantification des transcrits
  • HTSeq
• Alignement sur transcriptome et quantification
  • Salmon
• Notions de statistiques essentielles pour les analyses de données de séquences haut-débit
  • Distribution Poisson et binomiale négative
  • Corrections tests multiples
• Expression différentielle
  • DESeq2, EdgeR
  • Représentation graphique des résultats (Volcano plot, heatmap)
• Étude des variants d’épissage

A. En pratique – RNA-seq – Des reads au comptages

• Alignement des reads sur génome de référence
• QC des reads alignés
• Couverture
• Quantification de l’expression

B. En pratique : RNA-seq et et expression différentielle

• Filtrage des gènes faiblement exprimés
• Normalisation de l’expression
• Analyse multivariée et visualisation des échantillons
• Contrôle de la distribution de l’expression
• Identification des gènes différentiellement exprimés
• Visualisation des résultats

MÉTHODOLOGIE

• 60% de théorie
• 40% de pratique