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DATA-1.4 Analyse de données biologiques à grande échelle avec R (High-dimensional biological data analysis using R)
Accroche introductive
Apprendre à traiter de données biologiques à grande échelle en utilisant R
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Intitulé du programmeDATA-1.4 Analyse de données biologiques à grande échelle avec R (High-dimensional biological data analysis using R)
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mnémonique du programmeFC-875
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Programme organisé par
- Centre de Formation Continue en Santé et Sciences de la vie
- Université libre de Bruxelles
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Type de titreformation continue
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Accessible en reprise d'étudesoui
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Type d'horaireEn journée
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Langues d'enseignementfrançais
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Durée de la formationcourte (2 à 5 jours)
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Catégorie / ThématiqueSanté - Sciences biomédicales et pharmaceutiques
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E-mail de contact
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Téléphone de contact
Présentation
Détails
Informations générales
Type de titreformation continue
Durée de la formationcourte (2 à 5 jours)
Langue(s) d'enseignementfrançais
Type d'horaireEn journée
Catégorie(s) - Thématique(s)Santé - Sciences biomédicales et pharmaceutiques
Faculté(s) et université(s) organisatrice(s) Accessible en reprise d'étudesoui
Tarifs :- Doctorant ULB: 190€
- Secteur public / ASBL: 270€
- Entreprise: 380€
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Vous faites partie du personnel ULB ? La formation pourrait correspond à votre parcours de carrière ? Contact : formations.drh@ulb.be
Intervenant :
- Matthieu Defrance
Université libre de Bruxelles
Contacts
02 555 85 17
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Présentation
Objectifs de la formation
- Comprendre les concepts fondamentaux de l'analyse et de la visualisation de données biologiques à large échelle
- Apprendre à importer, nettoyer et prétraiter des données biologiques
- Apprendre à manipuler et visualiser des données volumineuses ou comportant un grand nombre de variables et d'observations
- Développer la capacité de choisir les bonnes méthodes et librairies pour l’analyse de données à large échelle. Apprendre à utiliser les librairies data.table et igraph
Horaire
En journée
2 sessions de 3 heures
Prochaines sessions :
Prochaines sessions :
- Lun 27/11 de 13h30 à 16h30
- Jeu 30/11 de 09h30 à 12h30
Calendrier & inscriptions
Pré-requis
- Notions de programmation en R ou avoir suivi le cours STAT-2.1 (Initiation au logiciel R). Notions de statistiques descriptives.
Calendrier & inscriptions
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Programme
1. Introduction aux données biologiques à grande échelle
- Exemples de données (Transcriptomique, Génomiques, ...)
- Variables et Observations (Catégorielles / Quantitatives)
- Structures de données : tables, hiérarchiques, graphes, hybrides
- Problème de la dimensionnalité des données
- Limites et contraintes de l'analyse de données à grande échelle
2. Outils pour l'analyse et la visualisation de données
- Formats de fichiers, conversion, reformatage, compression
- Avantages et limitations de R pour l’analyse de données à large échelle
- Utilisation de la bibliothèque data.table
- Interfaçage de R avec Python en utilisant la librairie reticulate
- Stratégie d’analyse avec R, optimisation des performances
3. Visualisation de données
- Réduction de dimensions avec PCA et tSNE
- Visualisation en 2 dimensions de données à large échelle
- Visualisation de données sous forme de graphes avec la librairie igraph
- Application aux données de transcriptomiques et protéomiques
Méthodologie :
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50 % théorie
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50 % pratique