Francisco PRISTA SANTOS VON BONHORST SILVA - Faculté des Sciences

Titre de la thèse: "Uncovering genes regulating differentiation using entropy, inference and modeling: a study on the mechanism of epiblast specification in the early mouse embryo"
Résumé:
Dans l'embryon pré-implantatoire du mammifère, l'expression stochastique entre cellules est suivie du renforcement par signalisation afin d'initier la spécification des cellules de la masse cellulaire interne en cellules de l'épiblaste. L'expression de NANOG, le facteur de transcription clé pour le destin épiblastique, est nécessaire mais non suffisante : l'expression simultanée d'autres facteurs est requise. En quantifiant la variabilité de l'expression génique dans des cellules uniques à l'aide de l'entropie inter-cellulaire, un sous-ensemble spécifique de gènes partageant la même signature de variabilité que Nanog a été identifié. L'analyse de réseaux de régulations génétiques a révélé que les gènes découverts sont fonctionnellement liés à Nanog par une activation mutuelle, et que ces interactions apparaissent précisément lorsque la différenciation est initiée. La combinaison de ces observations avec de la modélisation mathématique montre que la coordination entre Nanog et ses gènes auxiliaires génère des états coordonnés de forte expression qui sont susceptibles d'agir comme le déclencheur moléculaire de la transition de l’ICM vers l’Epi/PrE.