Phylogénie moléculaire des organismes

Cours théoriques (9h)

• Grands principes de la classification du vivant
• Histoire de la « Phylogénie moléculaire » et grandes découvertes moléculaires
• Choix des marqueurs moléculaires
• Alignements de séquences
• Méthodes d’inférence phylogénétique
• Exemples concrets & Résolution de l’arbre du vivant

Sessions pratiques (2 x 3h) (utilisation de l'ordinateur portable personnel de l'étudiant conseillée)

• Utilisation des outils d’analyses de séquences et d’inférence phylogénétique

Le cours vise à initier les étudiants aux notions théoriques de l'inférence phylogénétique afin qu'ils puissent comprendre les différentes méthodes abordées dans les publications scientifiques mais également maîtriser certains outils bioinformatiques leur permettant d'inférer des arbres phylogénétiques et de les interpréter.

Connaissances et compétences pré-requises ou co-requises

Notions de biochimie et de biologie moléculaire; manipulation d'un ordinateur personnel et d'Internet

Cours magistraux
Sessions pratiques en salle informatique (2x3h)

Références, bibliographie et lectures recommandées

• Yang, Z., & Rannala, B. (2012). Molecular phylogenetics: principles and practice. Nature reviews genetics, 13(5), 303-314.
• Giribet, G., & Edgecombe, G. D. (2020). The invertebrate tree of life. Princeton University Press.
• Hall, B. G. (2004). Phylogenetic trees made easy. WH Freeman.
• Kumar, S., Nei, M., Dudley, J., & Tamura, K. (2008). MEGA: a biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Briefings in bioinformatics, 9(4), 299-306.
• Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., & Kumar, S. (2007). MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular biology and evolution, 24(8), 1596-1599.

Informations complémentaires

Cours théoriques : UMONS, Campus de la plaine (enseignement comodal)
Sessions pratiques : UMONS, Campus de la plaine (enseignement en présentiel)

Supports du cours disponibles sur Moodle

Contacts

Igor Eeckhaut, Jérôme Delroisse
 

Campus

UMons

Méthode(s) d'évaluation

• Examen oral
• Présentation orale

Examen oral

Présentation orale

Examen oral
Présentation orale (« question de phylogénie »)

Construction de la note (en ce compris, la pondération des notes partielles)

Examen oral 50%
Présentation orale 50%

Langue(s) d'évaluation

• français
• (éventuellement anglais )