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BINF-F405

Biophysics and structural bioinformatics II

année académique
2022-2023

Titulaire(s) du cours

Dimitri GILIS (Coordonnateur), Marianne ROOMAN et Wim VRANKEN

Crédits ECTS

5

Langue(s) d'enseignement

Inconnu

Contenu du cours

Le cours est divisés en six thèmes:

  • Dynamique moléculaire

  • Docking protéine-protéine

  • Protéine intrinsèquement désordonnées

  • Utilisation de la RMN pour l'étude de la structure et de la dynamique de protéines

  • Optimisation des structures protéiques

  • Mécanique quantique appliquée aux macromolécules biologiques

Les travaux pratiques consistent en un projet.

Objectifs (et/ou acquis d'apprentissages spécifiques)

Au terme de ce cours, l’étudiant sera capable :

  • D'extraire des informations pertinentes au départ d'articles scientifiques.

  • D'approfondir des thèmes dans le domaine de la bioinformatique structurale.

  • De choisir et d'exploiter divers outils bioinformatiques afin de résoudre une problématique.

Pré-Requis

Cours pré-requis

Méthodes d'enseignement et activités d'apprentissages

Partie théorique du cours (3 ECTS): lecture d'articles scientifiques, présentations des articles, discussion des articles. Pour chaque thème, les étudiants devront lire des articles scientifiques ou des chapitres de livre, qui seront introduits par l'enseignant.

Les étudiants seront divisés en six groupes. Chaque groupe présentera les articles d'un des six thèmes. Durant cette présentation, les étudiants résumeront les éléments importants des articles. Les autres étudiants liront les articles du thème.

Les articles seront discutés lors de la présentation par les groupes d'étudiants. Les étudiants ayant préparé la présentation répondront aux questions des autres étudiants et de l'enseignant.

Travaux pratiques (2 ECTS): réalisation d'un projet.

Contribution au profil d'enseignement

Pour le MA en Bioinformatique et modélisation

  • 1.2. Analyser de manière critique des articles originaux de recherche en bioinformatique et modélisation.

  • 1.5. Pouvoir utiliser les ressources bioinformatiques existantes et développer de nouveaux logiciels (algorithmes, bases de données, outils d'analyses, etc.).

  • 2.1. Faire preuve de créativité pour poser un problème dans le domaine de la bioinformatique et modélisation et formuler des hypothèses de travail testables.

  • 2.3. Discuter et confronter les résultats obtenus aux données scientifiques existantes.

  • 4.2. Rédiger un rapport de recherche avec clarté et rigueur.

  • 4.3. Présenter oralement de manière claire et concise les résultats d’un travail et les confronter aux questions et critiques de l’audience

Pour le MA bioingénieur en chimie et bioindustries

  • Bioinformatique

  • Choisir des méthodes d’analyse statistique pertinentes, élaborer des modèles, interpréter les résultats et évaluer leur fiabilité́ de manière critique.

  • Appliquer les principes et techniques de la bioingénierie dans le cadre de projets de recherche et de développement dans le secteur des bio-industries, de l’échelle du laboratoire à celle de l’application industrielle.

  • Synthétiser, vulgariser et communiquer ses résultats de manière adaptée à ses interlocuteurs, oralement et par écrit, tant en français qu’en anglais.

Support(s) de cours

  • Université virtuelle

Autres renseignements

Contacts

Email: dgilis@ulb.ac.be

Localisation des bureaux: Solbosch, UD3.203

Adresse postale: Unité de Bioinformatique génomique et structurale, Université Libre de Bruxelles, av. Roosevelt, 50, CP 165/61, 1050 Bruxelles

Tel: 02 650 36 15

Campus

Solbosch

Evaluation

Méthode(s) d'évaluation

  • Autre

  • Evaluation de la présentation d'un des thèmes du cours (oral), selon les critères suivants:
    • Qualité de la présentation: identification des éléments importants des articles et résumé de ces éléments.
    • Qualité des réponses aux questions.
    • Compréhension des articles.
  • Evaluation des rapports du projet.
  • Examen oral sur la partie théorique du cours. L'étudiant choisira au hasard un des cinq thèmes qu'il n'a pas présenté. L'étudiant aura 20 minutes pour préparer un résumé des éléments importants du thème; il pourra utiliser les articles et ses notes personnelles pour cette préparation. Le thème sera ensuite discuté oralement.

Tout étudiant qui n'est pas en ordre dans la remise des rapports de travaux pratiques et/ou qui n'a pas présenté un des thèmes ne sera pas autorisé à présenter l'examen.

Construction de la note (en ce compris, la pondération des notes partielles)

Soit n_p la note de la présentation d'un thème, n_pc la note du rapport de projet et n_o la note de l'examen oral. La note finale, n_f, vaut: n_f = 0,3 • n_p + 0,2 • n_pc + 0,5 • n_o.

Pour les parties "présentation" et "travaux pratiques", une seule session est organisée par année académique.

En cas de note finale inférieure à 10/20, l'étudiant peut, sur demande auprès des titulaires, reporter à une session ultérieure une note supérieure ou égale à 10/20 pour la partie "travaux pratiques". Il n'y a pas de seconde session pour la partie "présentation".

Langue(s) d'évaluation

  • français
  • anglais

Programmes